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导语

今天给同学们分享一篇调控基因+分型+甲基化的生信文章“Prognostic Value and Genome Signature of m6A/m5C Regulated Genes in Early-Stage Lung Adenocarcinoma”，这篇文章于2023年3月30日发表在

Int J Mol Sci期刊上，影响因子为5.6。

RNA修饰在癌症的发展和进展中具有病理和预后意义，其中m6A和m5C是代表性的调节因子。这些RNA修饰可以通过调节基因表达对其他RNA的功能产生影响。因此，在本研究中，作者旨在探索m6A/m5C调节因子与早期肺腺癌（LUAD）之间的相关性。

1.基于m6A/m5C相关基因的早期LUAD分子亚型鉴定

本研究使用TCGA-LUAD早期患者进行研究。根据37个m6A/m5C调控基因的mRNA表达，采用无监督聚类方法对早期LUAD患者进行亚型分析。作者选择了两个作为最佳的k值，将402名患者分为cluster1（N = 240）和cluster2（N = 162）（图1A）。此外，在可视化PCA算法的结果时，作者发现聚类判别效果非常好，进一步证实了早期LUAD的两个明显不同的亚型。K-M生存分析显示m6A/m5C相关聚类之间的OS存在显著差异，cluster1的患者的OS明显优于cluster2的患者（log-rank检验p < 0.05）（图1B）。两个聚类中m6A/m5C相关基因的表达及其与临床特征的相关性如图1C所示。大多数基因在cluster2中高表达，并且两个聚类的性别和分期特征有显著差异。此外，性别差异（p < 0.01）和生存状态（p < 0.05) 在两个早期LUAD亚型之间。